L’histoire médiévale de Marcigny est étroitement liée à Cluny. Au XIe siècle, Hugues de Semur y fonde un prieuré de bénédictines dont le rayonnement attire des religieuses de grandes familles. Adèle de Blois, fille de Guillaume le Conquérant, s’y retire et y meurt en 1137.
Les troubles de la guerre de Cent Ans conduisent à renforcer la ville. La Tour du Moulin, du XVe siècle, demeure l’un des témoins les plus visibles de cet ancien système défensif. Devenue musée au début du XXe siècle, elle aide à retrouver l’histoire du bourg malgré la disparition d’une grande partie du prieuré et des fortifications.
Le marché du lundi prolonge une autre tradition ancienne. La municipalité en fait remonter l’organisation à un accord de 1266. Une promenade dans Marcigny peut ainsi associer patrimoine monastique, traces urbaines médiévales et vie commerçante.

